Le développement du comté du Valois à partir du XIe siècle, avec Crépy pour capitale, implique un lieu de pouvoir pour commander le territoire et les hommes, ce lieu de pouvoir se fortifiant pour devenir un château au sens moderne du terme. Il s'agissait à l'origine d'une bâtisse plus modeste, probablement constituée de bois, maçonnerie et terre, qu'on a qualifiée le plus souvent de motte castrale. Elle était située en position défensive et symbolique sur le rebord du plateau, côté ouest.
A cette période, une collégiale est fondée à côté du château, pour accueillir les reliques de saint Arnoul. En 2006 la collégiale est remplacée par un monastère bénédictin.
A partir du XIe siècle, le site évolue. Le monastère devient prieuré clunisien en 1076 et il prospère rapidement. L'essor du comté du Valois entraine des évolutions du château, il est érigé en pierres pour aboutir à la forme dont les vestiges sont encore visibles actuellement, avec ses deux tours dites "tours du Valois". Celles-ci datent de la fin du XIIe siècle, mais en réalité elles ne constituent que le châtelet d'entrée, le reste n'existe plus depuis longtemps.
Avec la construction du prieuré sur le côté nord du plateau et l'évolution du château côté sud-ouest, une petite ville s'implante, accolée à ces deux monuments. Un premier rempart clôture l'ensemble. Par la suite, la ville s'agrandit et le rempart est déplacé pour prendre sa forme définitive au XIIIe siècle, dont on voit encore aujourd'hui quelques éléments ainsi que dans la disposition des rues de la ville. Malheureusement, l'entrée principale de la ville, par la porte du Paon, n'existe plus depuis 1814.
Le comté du Valois est divisé par Raoul II, vers 1030-1035, en faveur de ses deux fils. L'ainé, Raoul III, hérite du château. Le cadet, Thibaud, seigneur de Nanteuil, hérite du terrain situé à proximité du château, sur l'emplacement dit "du donjon". Le découpage des propriétés était très complexe au Moyen Âge, les imbrications courantes et difficiles parfois à gérer.
Le château féodal continue d'évoluer jusqu'à la fin de Moyen âge mais ne nous est malheureusement pas parvenu.. A proximité, en liaison avec la ville, la chapelle Saint-Aubin est construite vers 1170-1180 par Thibaut III de Nanteuil. Puis son successeur, Philippe de Nanteuil fait ériger un second château sur l'emplacement du terrain "du donjon", accolé à cette chapelle. Ce château n'a rien de défensif, c'est une demeure seigneuriale avec trois niveaux d'occupations. Débutée vers 1200, avec une chapelle privée placée au-dessus de la chapelle Saint-Aubin, est achevée vers 1240.
Le premier château sera détruit à l'exception du châtelet, vraisemblablement pendant la guerre de Cent Ans.
Contrairement au sort du premier château, la famille de Nanteuil conserve "l'auditoire" ou "donjon" jusqu'en 1356. Mais avec le déclin de Crépy, cette demeure n'aura plus que des fonctions subalternes et administratives (prison). Heureusement, elle nous est parvenue est assez bon état, ce qui a permis l'implantation du musée de l'archerie, puis celui du musée de la statuaire du Valois dans la grande salle supérieure qui possède un magnifique exemple de charpente du XIIIe siècle.
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